Trong gần 17 năm của Cộng hòa Liên bang thứ hai đã có 14 tổng thống trong 18 chính phủ, trong đó chỉ có José Joaquín de Herrera hoàn thành nhiệm kỳ của mình. Herrera, Arista, Comonfort và Juárez là bốn vị tổng thống duy nhất trong thời kỳ này (mặc dù hai trong số họ, Comonfort và Juárez, bắt đầu các chính phủ của họ làm các tổng thống tạm thời).

tổng thống Quốc hội José Mariano Salas đã trao lá phiếu cho ông phó tổng thống Valentín Gómez Farías vào ngày 23 tháng 12 năm 1846, người đã thay thế Antonio López de Santa Anna (người đã chiến đấu với quân đội Mỹ). Ngày 21 tháng 3 năm 1847, Santa Anna trở về México và sa thải Gómez Farías, người đã lưu vong. Vào ngày 1 tháng 4, Santa Anna Quốc hội đã dành một chức vụ phó tổng thống, và rời Tổng thống vào ngày 2 tháng 4 tới Pedro Maria Anaya.

Anaya đã trở về tổng thống trở lại Santa Anna vào ngày 20 tháng 5, khi ông rời khỏi để chống lại Mỹ Santa Anna đã từ chức tổng thống vào ngày 16 tháng 9, và chạy trốn khỏi thủ đô khi quân đội Mỹ chiếm Thành phố México. Sau khi ông Santa Anna từ chức, Manuel de la Peña y Peña (chủ tịch Tòa án Tối cao) đã trở thành tổng thống.

De la Peña đã bổ nhiệm tổng thống Pedro María de Anaya vào ngày 13 tháng 11, khi ông rời văn phòng đàm phán hòa bình với Hoa Kỳ. Anaya từ chức tổng thống vào ngày 8 tháng 1 năm 1848, từ chối đưa lãnh thổ đến Hoa Kỳ, và de la Pena y Pena nhậm chức cùng ngày. Kết thúc các hiệp ước hòa bình với Hoa Kỳ, de la Peña gọi cuộc bầu cử được bầu là José Joaquín de Herrera, người nhậm chức vào ngày 2 tháng Sáu. Herrera kết thúc nhiệm kỳ của mình và trao chức vụ tổng thống cho Tổng thống bầu cử Mariano Arista vào ngày 15 tháng 1 năm 1851.

Arista đã từ chức tổng thống vào ngày 5 tháng 1 năm 1853, khi Quốc hội bác bỏ ông "quyền hạn phi thường" để cai trị đất nước. Vào ngày 6 tháng 1, Juan Bautista Ceballos (chủ tịch Tòa án Tối cao) đã đảm nhiệm chức vụ tổng thống thay cho Arista. Ceballos từ chức vào ngày 8 tháng 2; Manuel Maria Lombardini từng là tổng thống de facto cho đến ngày 20 tháng tư, khi Lombardini cấp cho Santa Anna "sức mạnh phi thường" để cai trị và trao chức vụ tổng thống kết thúc.

Santa Anna cai trị như nhà độc tài cho đến ngày 12 tháng 8 năm 1855, khi ông bị lật đổ bởi cuộc Cách mạng Ayutla. Diaz de la Vega rời ghế văn phòng vào ngày 3 tháng 10; ông Martín Carrera, tổng thống từ ngày 15 tháng 4, đã trao nhiệm vụ cho Rómulo Díaz de la Vega vào ngày 12 tháng 9. vào ngày 4 tháng 10, Juan Álvarez trở thành tổng thống. Álvarez, sau khi gọi cuộc bầu cử của một đại hội thành viên, trao cho Tổng thống Ignacio Comonfort vào ngày 11 tháng 12. Comonfort cai trị làm tổng thống lâm thời cho đến ngày 31 tháng 10 năm 1857, và từ ngày 1 tháng 12 làm tổng thống. Sau khi phớt lờ Hiến pháp năm 1857 và ủng hộ Kế hoạch Tacubaya, Comonfort đã không còn là tổng thống vào ngày 17 tháng 12.

Theo Hiến pháp, chủ tịch Tòa án Tối cao, Benito Juárez, đã làm tổng thống bắt đầu từ ngày 18 tháng 12; tuy nhiên, ông đã không thiết lập chính phủ của mình cho đến ngày 19 tháng 1 năm 1858 sau khi được thả ra khỏi nhà tù. Juárez là tổng thống được bầu theo hiến pháp cho đến ngày 18 tháng 7 năm 1872, theo kịp với các tổng thống, các vị tổng thống được công nhận bởi những người bảo thủ, hoàng đế Maximiliano.

Vì hầu hết các quy tắc của Juárez được đánh dấu bằng các cuộc nội chiến và xâm lược nước ngoài, ông không phải lúc nào cũng có thẩm quyền trên toàn lãnh thổ México. Tuy nhiên, ngay cả trong Đại đế México lần thứ hai, Juárez được các lực lượng tự do cộng hòa công nhận là tổng thống México; cuối cùng họ đã đánh bại đế chế, và khôi phục lại nước cộng hòa. Juárez được công nhận làm tổng thống từ ngày 18 tháng 12 năm 1857 đến ngày 18 tháng 7 năm 1872.

Kế hoạch Tacubaya – Từ chối Hiến pháp năm 1857

Kế hoạch Tacubaya, mà không nhận ra Hiến pháp năm 1857, ban đầu được công nhận Ignacio Comonfort là tổng thống của México. Comonfort được các nhà bảo thủ công nhận đến ngày 11 tháng 1 năm 1858 và từ chức ngày 21 tháng 1. Félix María Zuloaga được công nhận là tổng thống bảo thủ vào ngày 11 tháng 1; ông chính thức đảm nhiệm chức vụ vào ngày 23 tháng Giêng, nhưng đã bị lật đổ bởi kế hoạch Giáng sinh vào ngày 24 tháng 12 và thay thế bởi Manuel Robles Pezuela. Pezuela Robles vẫn là tổng thống bảo thủ cho đến ngày 21 tháng 1 năm 1859; vào ngày 24 tháng 1, Zuloaga nối lại văn phòng. Zuloaga giữ nhiệm kỳ thứ hai cho đến ngày 2 tháng 2, khi ông được thay thế bởi Miguel Miramón. Miramón (một người bảo thủ) đã bỏ chức tổng thống trong tay của José Ignacio Pavón vào ngày 13 tháng 8 năm 1860 - vị trí mà ông ta nắm giữ chỉ hai ngày, kể từ khi Miramón trở lại chức vụ tổng thống vào ngày 15 tháng 8. Miramón cai trị cho đến ngày 24 tháng 12, có một chức vụ tổng thống luân phiên với Zuloaga. Zuloaga, với sự trợ giúp của một số người bảo thủ quân đội, trở thành tổng thống của một phe bảo thủ chia rẽ trong các cuộc xung đột nội bộ và nhiệm kỳ của ông kết thúc vào ngày 13 tháng 8. Mặc dù bị đánh bại bởi những người tự do, những người bảo thủ tiếp tục công nhận Zuloaga làm tổng thống. Ngày 28 tháng 12 năm 1862, nhiệm kỳ của ông kết thúc; bằng cách kết thúc với một chính phủ bảo thủ, điều này sẽ chuẩn bị cho những gì đã trở thành Đệ Nhị Đế chế México.

Điều hành triumvirate

Trước khi đưa chính phủ lâm thời vào nước Cộng hoà Liên bang vào một chế độ quân chủ, một cuộc họp của những người bảo thủ được quân đội Pháp hỗ trợ đã chỉ định một bộ ba lãnh đạo để đảm nhiệm những nhiệm vụ của nước này. Nó bao gồm Juan Nepomuceno Almonte, José Mariano Salas và Pelagius Antonio de Labastida (và tạm thời là Juan Ormachea). Triumvirate này đã cai trị từ ngày 24 tháng 6 đến 10 tháng 7 năm 1863, và từ ngày 11 tháng 7 trở thành Nhiếp chính.